Joybrato Mukherjee ist in einer Doppelfunktion mit den zunehmenden Spannungen bei deutsch-chinesischen Forschungskooperationen beschäftigt. Als DAAD-Präsident verantwortet er zentrale Programme im Bereich internationaler Wissenschaftsbeziehungen. Als neuer Rektor der Universität zu Köln hat er sich gleich in den ersten Wochen seiner Amtszeit zum Ziel gesetzt, mit Blick auf chinesische Stipendiaten „einen besseren Überblick zu bekommen und neue Prüfverfahren zu entwickeln“.