Nach Ansicht der Fraunhofer-Gesellschaft (FhG) ist das Europäische Innovations- und Technologieinstitut (EIT) „zu komplex, teuer und intransparent“ und sollte „abgeschafft“ werden. In einem Brandbrief schreibt die FhG, dass das EIT „keinen Mehrwert für Europas Innovations-Ökosysteme und seine industrielle Wettbewerbsfähigkeit bietet“ und verweist auf den hohen Verwaltungsaufwand, der mit der Teilnahme an EIT-Aktivitäten verbunden ist, auf die mangelnde Einbeziehung von Universitäten und Forschungsinstituten sowie auf Bedenken hinsichtlich der finanziellen Tragfähigkeit des EIT.